Krypton est un monde jadis à la pointe de la colonisation spatiale, mais qui aujourd'hui s'est condamné, en imposant le contrôle des naissances, c'est-à-dire en interdisant toute naissance naturelle, et en décidant à l'avance quel serait le rôle de chacun dans la société, grâce au Codex, objet en forme de crâne contenant tous les gènes des kryptoniens à venir, et déterminant leur fonction sociale, comme dans une fourmilière. D'autre part, les kryptoniens se sont détournés de l'espace, et ont décidé d'exploiter les ressources naturelles de leur planète et de forer le noyau de Krypton, abîmant dangereusement ce dernier.
Le scientifique Jor-El prévient le Conseil de Krypton de ce danger, et lui demande en vain de lui remettre le Codex afin qu'il assure la continuité de la race kryptonienne. En effet, lui et sa femme Lara ont défié la loi eugénique de leur monde en concevant un enfant, nommé Kal-El, et en le faisant naître naturellement (mais Jor-El se garde bien de révéler ceci au Conseil). C'est alors qu'un coup d'état mené par le général Dru-Zod, renverse le Conseil. Zod, ami de Jor-El, lui propose de se joindre à lui afin d'assurer que « les lignées les plus importantes survivent ». Jor-El refuse, argumentant que le choix de ces lignées n'incomberait qu'à Zod, et que ce dernier a trahi son peuple en dirigeant le putsch. Jor-El est alors arrêté, mais il s'évade et réussit à mettre la main sur le Codex, avant de regagner sa demeure.
Là, il prépare le lancement de la fusée de son fils, qui l’emmènera sur une planète dont le soleil est plus jeune : la Terre. Lara est cependant réticente à laisser partir son fils, argumentant qu'il mourra peut-être dans l'espace, et qu'ils n'auront jamais le bonheur de le voir grandir ; mais elle accepte, car au moins, il pourra vivre sur une planète où aux yeux des terriens, « il sera un dieu », et, en pleurs, elle place Kal-El dans sa fusée, tandis que son père dissout le Codex dans les cellules du jeune kryptonien.
C'est alors que le général Zod, prévenu du vol du Codex, arrive chez Jor-El. Il réclame que ce dernier lui remette le Codex, mais s'emporte lorsqu'il lui annonce qu'il a eu un fils né naturellement. Un combat s'engage alors entre les deux anciens amis, dans lequel Jor-El a le dessus. En désespoir de cause, Zod supplie Lara d'annuler le vol, argumentant que le Codex est l'avenir de Krypton ; Lara semble hésiter, puis lance le vol. De rage et de désespoir, Zod sort une lame cachée, et en transperce Jor-El, qui tombe mort. Puis, Zod rejoint ses troupes, et tente de faire abattre le vaisseau de Kal-El, mais à ce moment, les troupes fidèles au gouvernement surviennent et le font prisonnier.
Pour leurs crimes, Zod et son état-major sont condamnés à être emprisonnés dans la Zone Fantôme, prison où le temps s'écoule différemment, et où plusieurs années peuvent sembler comme quelques jours. Fou de rage, Zod insulte le Conseil, avant d'assurer à Lara, présente au jugement, qu'il retrouvera son fils. Puis, la sentence est appliquée. Un peu plus tard, la planète Krypton explose, et Lara prie Kal de construire un monde meilleur que celui de ses ancêtres.
Kal-El arrive sur Terre, au Kansas, et est recueilli par Jonathan et Martha Kent, un couple de fermiers qui le baptisent du nom de Clark et l'élèvent comme leur fils. Mais ce dernier est très vite confronté malgré lui, à ses origines, lorsque ses pouvoirs commencent à se développer, alors qu'il ne peut pas les contrôler il voit à travers des objets, entend des sons normalement inaudibles, peut chauffer des cibles avec ses yeux... Tout ceci le fait passer aux yeux de ses camarades d'école comme un idiot ou un autiste, d'autant qu'il fuit souvent sa classe pour se réfugier à un endroit où il sera tranquille et ne sera pas confronté à ces bruits et ces visions qu'il ne maîtrise pas.
Alors qu'il commence à entrer dans l'adolescence, un événement change tout pour lui : il se trouve dans un car scolaire et ce dernier tombe d'un pont et commence à couler, menaçant de noyer tous les occupants du car. Clark saute alors du car et réussit à le soulever jusqu'à ce qu'il atteigne la rive. Mais alors, Jonathan est confronté à la mère d'un élève que Clark a sauvé, qui affirme qu'il s'agit d'un miracle envoyé par Dieu. Jonathan blâme alors son fils pour avoir manifesté ses pouvoirs aux yeux de tous, ce à quoi Clark répond qu'il ne pouvait rien faire d'autre, à moins de les laisser mourir. Devant toutes les interrogations de son fils, Jonathan finit par lui montrer le vaisseau dans lequel il est arrivé, ainsi qu'une sorte de clé sur lequel est gravé un « S » stylisé. Clark comprend alors qu'il n'est pas issu de ce monde, mais qu'il vient d'ailleurs.
Alors qu'il atteint l'âge adulte, il est pris avec ses parents dans une tornade ; son chien est coincé dans sa voiture, et il s’apprête à aller le sauver quand son père lui fait signe de ne pas intervenir, afin de ne pas montrer ses pouvoirs aux gens de la Terre qui l’entourent. Alors que son chien est secouru, Jonathan est emporté par la tornade, sous les cris de douleur de Clark.
Peu après, Clark décide de partir en quête de ses origines. Il accomplit divers petits boulots, et finit par participer à une expédition polaire comme employé. Cette expédition, organisée par l'armée, est rejointe par Lois Lane, journaliste irrévérencieuse et audacieuse gagnante du Prix Pulitzer, travaillant pour le Daily Planet. Un satellite a en effet capté la signature d'un objet entouré d'une couche de glace de 20 000 ans d'âge. Le soir, alors que Lois Lane prend des photos, elle aperçoit une silhouette se dirigeant vers la couche de glace en question. Elle décide de suivre la silhouette, qui n'est autre que Clark, lequel se fraye un passage dans la glace grâce à sa vision thermique. Il atteint alors l'objet, qui n'est autre qu'un énorme vaisseau spatial. C'est alors qu'en entrant, il active le système de défense du vaisseau, qui s'attaque à Lois. Cette dernière, blessée, est soignée par Clark, qui la dépose ensuite en sûreté. Puis, sur le vaisseau, Clark applique la clé à une ouverture prévue à cet effet, ce qui fait décoller le vaisseau, qui s'échappe ensuite.
Peu après, Clark est confronté à son père, Jor-El ; plus exactement, à un hologramme contenant ses souvenirs, et sa conscience, contenue dans la clé de Clark. Jor-El explique alors à ce dernier l'histoire de son peuple, avant de lui affirmer que les humains ont besoin de lui, d'un sauveur. Il pourra remplir ce rôle, car contrairement aux autres kryptoniens, il est né naturellement, et n'est donc pas déterminé à assumer un rôle en particulier. Jor-El lui montre alors un costume rouge et bleu, frappé du même « S » stylisé, qui n'est autre que le symbole des El et dont la signification est « espoir ». Clark apprend ensuite que la raison de sa différence est que l'atmosphère de la Terre est plus riche que celle de Krypton ; d'autre part, le soleil est jaune, et les cellules de Clark boivent ses radiations. Il est donc capable d'accomplir des exploits dont les hommes sont incapables. Après cela, Clark sort du vaisseau revêtu du costume des El, et apprend à maîtriser sa capacité à voler. Alors, il commence à voler à une vitesse hallucinante, assumant pleinement ses origines kryptoniennes.
Pendant ce temps, Lois tente de convaincre son patron, Perry White, de la laisser écrire un article sur ce qui lui est arrivé, mais ce dernier refuse. Elle contacte alors le responsable d'un site Internet à qui elle raconte l'histoire, afin qu'il la publie sur son site. Puis, elle tente de retrouver la trace de Clark. Elle réussit, mais il la persuade de ne révéler l'histoire à personne.
C'est alors que l'armée détecte dans le ciel la silhouette d'un OVNI de grande taille se dirigeant vers la Terre. À ce moment, sur tous les écrans du monde, une silhouette menaçante transmet le message suivant : « Vous n'êtes pas seuls. Je suis le général Zod. Je viens d'un monde éloigné du vôtre. J'ai traversé un océan d'étoiles pour atteindre votre planète. Votre monde abrite un de mes concitoyens. Il vous ressemble, mais il n'est pas des vôtres. À ceux qui connaissent son emplacement, le destin de votre planète repose entre vos mains. À Kal-El, je dis ceci : rends-toi dans les vingt-quatre heures, ou regarde ce monde en subir les conséquences ».
Lois est arrêtée par le FBI, car elle connaît Kal-El. Clark, épouvanté, va demander assistance à un prêtre catholique, tenu au secret lors de la confession, et lui confie que s'il ne fait pas confiance à Zod, il ne fait pas non plus confiance aux humains ; le prêtre le convainc de « faire un acte de foi », en se livrant aux humains, même s'il ne les croit pas.
Kal-El est alors arrêté, et remis à Faora Hu-Ul, lieutenant de Zod venue le chercher. Mais Faora demande également la présence de Lois Lane à bord. Durant le voyage de la Terre jusqu'au vaisseau, Kal donne à Lois la clé où est inscrite la mémoire de Jor-El. Une fois à l'intérieur du vaisseau, Clark et Lois sont accueillis par Zod, mais Clark se sent mal et s'évanouit, à cause de l'atmosphère différente de celle de la Terre, et à laquelle il n'est pas habitué. Alors, grâce à une réalité virtuelle, Zod lui communique son histoire : enfermé dans la zone fantôme avec ses officiers, la destruction de Krypton les a libérés. Ils ont réussi à activer le vaisseau dans lequel ils avaient été placés dans la zone fantôme, et à l'arranger de manière à pouvoir utiliser le propulseur qui les gardait dans la zone fantôme comme moteur pour voyager dans l'espace. Ils ont alors inspecté les anciennes colonies kryptoniennes, mais n'y ont trouvé que des cadavres, des armes, des scaphandres, des armures de combat, et même un engin de terraformation. Ils ont réussi à détecter la présence de Kal-El sur Terre quand ce dernier a activé le système de défense du vaisseau. Zod annonce ensuite à Kal-El qu'il a l'intention d'utiliser cette machine de terraformation pour transformer la Terre en une nouvelle Krypton, ce qui causera la mort des humains, incapables de supporter l'atmosphère et la densité kryptonienne. Pour recréer la race kryptonienne, Zod a cependant besoin du Codex, mais Kal-El refuse de le lui donner. Au moment où Kal-El se met à sombrer dans un océan d'ossements humains, il se réveille, tout ceci n'étant qu'une projection holographique dans son cerveau. Zod révèle alors qu'il a tué Jor-El, non parce qu'il le voulait, mais parce que c'était son devoir. Un devoir qu'il voit à présent dans le fait de recréer Krypton, serait-ce au prix de la vie de milliards d'êtres humains.
Zod part alors pour la Terre accompagné par quelques-uns de ses officiers, dont Faora. Pendant ce temps, Lois réussit à activer la clé, donnant ainsi à la conscience de Jor-El le commandement du vaisseau. Jor-El lui explique alors qu'il y a un moyen d'arrêter Zod : il faut jeter le vaisseau avec lequel Kal-El est arrivé sur Terre pour que la zone fantôme s'ouvre, et que le vaisseau de Zod (qui fonctionne en utilisant l'énergie de la zone fantôme) y soit renvoyé, car le vaisseau de Kal-El fonctionne sur le même modèle. Jor installe alors de l'oxygène terrestre dans le vaisseau et aide Lois à s'évader grâce à une capsule de sauvetage. Pendant ce temps, Clark, dont un peu de sang a été prélevé par l'officier scientifique de Zod, Jax-Ur, peut lui aussi s'évader et rencontrer à nouveau son père, qui l'encourage à « les sauver tous », tous les humains. Puis il disparaît et Clark s'envole à la poursuite de Lois, dont la capsule, endommagée, menace de la tuer. Il arrive à la sauver in extremis.
À Smallville, Zod et ses officiers interrogent brutalement Martha Kent pour que cette dernière leur donne l'emplacement du vaisseau de Clark et donc celui du Codex. Ils trouvent le vaisseau, mais s’aperçoivent que le Codex n'y est plus. Fou de colère, Zod poursuit l'interrogatoire de Martha, mais est interrompu par l'arrivée de Clark qui, enragé par les violences faites à sa mère par Zod, se jette sur lui, et après avoir détruit un certain nombre de bâtiments, brise son masque à oxygène. Aussitôt, Zod est confronté au même problème que Clark durant son adolescence : sa grande difficulté à maîtriser ses pouvoirs. Assailli de sensations qu'il ne contrôle pas, Zod en est affaibli et doit être évacué. Clark affronte alors deux officiers de Zod, dont Faora, aux pouvoirs plus limités que ceux de Clark du fait de leur arrivée tardive sur Terre (s'ils ont la même force et résistance que Clark, ils ne maîtrisent pas encore le vol), et arrive à les vaincre à l'aide de l'armée, même si cette dernière l'a d'abord pris pour cible avec les autres kryptoniens. Ils sont évacués par un de leurs vaisseaux, et battent en retraite, laissant derrière eux une ville à moitié détruite. Réalisant alors que Clark n'est pas leur ennemi, les soldats l’acceptent comme allié, et commencent à le surnommer « Superman », le surhomme.
Revenu à bord de son vaisseau, Zod apprend par Jax-Ur, que le Codex se trouve dans les cellules de Clark. Pour le retirer de son organisme, il n'est pas nécessaire que ce dernier soit en vie. Zod lance alors son attaque : l'engin de terraformation est placé dans l'océan Indien et le vaisseau à Metropolis, afin que le rayon de terraformation soit renvoyé par l'un et l'autre. Le processus de destruction commence, causant d'énormes dégâts à la ville et à l'océan. À Metropolis, les tentatives de défense des humains sont inutiles : les missiles des avions de l'US Air Force ne résistent pas à la gravitation kryptonienne. Ils sont déviés et explosent dans la ville, ce qui amplifie la panique des habitants, qui tentent de fuir la destruction, parmi lesquels se trouvent Perry White et les employés du Daily Planet.
Zod se rend au Pôle Nord, vers le vaisseau de Superman, afin d'en prendre le contrôle, car il contient une chambre de conception, où tous les kryptoniens étaient conçus artificiellement. Jor-El tente d'arrêter Zod, mais c'est ce dernier qui contrôle le vaisseau, et désactive Jor-El pour toujours.
Lois explique alors à Superman et à l'armée le plan de Jor-El. Pendant que la fusée de Clark est placée dans un avion militaire, Superman vole vers l'océan Indien pour tenter de détruire l'engin de terraformation, et après avoir réussi à se dépasser pour surmonter la pression de l'atmosphère et de la gravitation kryptonienne qui s'installent, parvient à son but.
L'avion dans lequel est placé la fusée de Kal arrive devant le vaisseau des kryptoniens. Zod arrive alors, dans le vaisseau dont il a pris le contrôle, et s’apprête à détruire l'avion, lorsque Superman arrive et réussit à dévier le vaisseau, qui s'écrase dans la ville. L'avion est alors attaqué par Faora, qui arrive aisément, à l'aide de ses pouvoirs, à tuer certains membres de l'équipage. Elle ne parvient pas cependant à empêcher l'avion de s'écraser sur le vaisseau des kryptoniens. La distorsion se produit alors, et la zone fantôme s'ouvre à nouveau, aspirant tous les kryptoniens ainsi que l'avion des humains. Lois Lane, en pleine chute libre, est rattrapée par Superman, juste avant que la zone fantôme ne se referme.
Superman repose Lois Lane et l'embrasse sous le regard interloqué de Perry White. Mais alors, Superman aperçoit Zod, émergeant des débris. Ce dernier explique à Superman, que son rôle dans la société kryptonienne était de défendre son peuple, quel qu’en fut le prix. Mais à présent qu'il n'a plus de peuple, sa raison de vivre n'étant plus, il ne voit plus d'autre issue que de se venger de celui qui l'a privé de cette raison de vivre en tuant ceux que ce dernier protège : l'humanité. Superman, se refusant à laisser Zod agir ainsi, se lance contre lui, et les deux derniers kryptoniens entament alors un combat gigantesque durant lequel Zod acquiert enfin le contrôle total de ses pouvoirs, y compris celui du vol, qui lui faisait défaut jusqu'ici. Le combat, titanesque, s'achève lorsque Zod maintenu par Superman, tente de tuer des humains grâce à sa vision thermique. Superman, ne voyant pas comment l'arrêter, le tue en lui brisant la nuque. Puis, il s'effondre à ses côtés, en hurlant sa douleur d'avoir dû prendre une vie de sang-froid.
Peu de temps après ces événements dramatiques, Superman explique au général Swanwick de l'US Army, qu'il continuera à aider l'humanité, mais refuse d'être surveillé par qui que ce soit, serait-ce par l'armée. Puis, Superman explique à sa mère qu'il doit trouver un travail qui lui permettra de rester en contact avec l'actualité, afin d'être toujours là quand on aura besoin de lui. À Metropolis, Perry White présente à Lois Lane un nouveau journaliste du nom de Clark Kent, que Lois reconnaît aussitôt, malgré ses lunettes.
